Le analisi microbiologiche su alimenti, garantiscono che il prodotto primario, intermedio o finale della filiera produttiva, sia conforme alle caratteristiche di produzione e sicuro per quanto riguarda la contaminazione microbica, sia, cioè, esente dalla presenza di batteri.

I batteri, infatti, giocano un ruolo importante nella produzione e conservazione degli alimenti; alcune specie possono essere utili nella produzione di alimenti (ad esempio le colture per la produzione di formaggi), altre indicano una scarsa qualità igienica (indicatori d’igiene) o costituiscono un potenziale rischio per la salute umana (microrganismi patogeni).

Le indagini microbiologiche sono volte alla ricerca e identificazione di microrganismi (batteri, muffe, lieviti) e alla loro valutazione quantitativa (conteggio) e qualitativa.